Во втором сезоне «Менталиста» Патрик Джейн по-прежнему работает консультантом в Калифорнийском бюро расследований. Он помогает команде Терезы Лисбон раскрывать сложные преступления и одновременно не оставляет попыток выйти на след серийного убийцы по прозвищу Кровавый Джон. В начале сезона руководство КБР передаёт дело маньяка новой группе во главе с агентом Сэмом Боско. Джейн сначала думает уйти из бюро, но затем решает остаться и продолжать работу в отделе Лисбон.
Отношения между Патриком и Боско складываются напряжённо. Боско старается не подпускать Джейна к расследованию дел Кровавого Джона. Постепенно это противостояние перерастает в более сложное взаимодействие, особенно когда их расследования начинают пересекаться.
Параллельно с личной драмой Джейна команда занимается самыми разными убийствами и похищениями. Патрик применяет свой метод: психологический анализ, манипуляции и умение «читать» людей. Также во втором сезоне получают развитие отношения между агентом Уэйном Ригсби и Грейс Ван Пелт. Они скрывают свой роман, поскольку это противоречит внутренним правилам КБР.